学部还是大学院？
楼上的大佬们已经回答的很全面了，那我就简单地说一下个人看法吧！ 因为本人是理工科，所以只对理工科类研究生申请稍微有些了解，其他专业不太清楚，就不多说了，如有错误，欢迎指正！ 先说一下结论：如果是为了毕业后在日本就职的话，建议申请国立大学院；若只是为了学知识、提高研究水平，两者无所谓。
为什么这么说呢？因为国公立大学的研究生（修士）在录取的时候是不分研究的，都是在一起上课的，也就是说文科和理科，甚至是工科和医学都是在同一个研究室一起学习一起讨论的，这样对于自身的能力提升是非常有帮助的。而且日本的教授都很注重对学生独立思考能力的培养，会经常给学生出难题，让学生去自己探索问题并解决问题，这种经历对于一个人未来的职业发展是有很大的好处的。
另外一点是，日本很多国公立大学都是有学费减免优惠政策或者奖学金政策的，尤其是理工科，如果你很优秀的话，导师甚至可能不用你花钱就可以让你读他的研究室喔！ 但若是私立大学，像早稻田，庆应之类的，学费是很贵的，而且虽然这些学校也有学费减免制度，但是相对国公立就很少了，而且要求会很严格。由于这些学校的研究科很多，一个学科下面可能有很多研究室，这时就要慎重选择了，因为你不知道你被分配到哪个研究室.......如果是分配到一个不喜欢的研究室，那么你的留学生活就开始苦逼了，因为日本大学基本都是讲师上课，讲课内容非常学术，一般学生很难听得懂，而且课后也没有人帮你答疑，所有课程作业和考试都是基于你听课理解的内容来进行的，若是你上课听不懂，作业不会做，考试没办法通过，那么只能怪你自己不自量力啦～ 所以综上 如果是以找工作为目的的留学生们，建议申请国公立大学院； 如果是为了学习新知识、提高自己的科研水平而留学的日本同学，则无所谓是什么学校什么地区了，选择自己喜欢的专业，适合自己的老师才是关键！
祝各位在日留学生都能申请到自己心仪的学校~