签证入境日期是哪天？
按照题主给的信息，这个入境日是预定的机票日期而非实际入境日本当天的时间。 首先可以确认的一点是，在日留学生和研修生是可以延期3个月的。因为只要你的签证在有效期内就没有什么可担心的，就算海关官员要刁难你，他们也没有权利没收你的签证或禁止入境。如果海关真的这么做了，你可以在日本法院起诉政府，并且必胜（参见小川优子案）。
关于留学、研修等长期逗留的签证，通常的延期手续是在入国管理署办理再入国许可的延期手续即可（当然，在留卡的有效期也应当同时申请延长）。 在留卡有1年/2年/3年之分；而留学、研修等长期签证的有效期也是与在留卡的期限相一致的。因此，只要在留卡在有效期内，那么留学签证的有效期也就是有效的。
但是需要注意的是，再入国许可的有效期通常较短（最多为6个月），因此需要多次办理。而且，在再入国许可的有效期内必须离境一次才能再次入境。另外，在再入国许可有效期的最后一个月内，是不能离境日本的。否则就要等到下次再入国许可有效期开始后才能再次申请入境了。 对于题主这种情况，应该先查看一下护照上贴着的再入国许可的到期日，然后在有效期内提前回国，重新申请一次就行了。
如果题主现在还在日本境内的话，那最好还是不要坐飞机回国的比较好——因为你这样会留下“被迫离境”的口实来。其实，题主完全可以在日本待满6个月后再去申请延期，这样的话，在留卡的有效期也会随之自动延长的。